Es gibt keinen funktionellen Unterschied zwischen beiden Versionen. Daher hängt es im Grunde nur davon ab, wo man seine Apps lieber kaufen möchte.
Genau genommen gibt es allerdings zwei Unterschiede: Die Version, die in unserem Webshop erhältlich ist, hat einen eigenen Software-Update-Mechanismus und einen eigenen Lizenzschlüssel. In der Mac AppStore Version ist dies beides nicht relevant, da der Mac AppStore diese Verwaltung selbst übernimmt.